凍干機真空冷凍干燥主要分為4個階段：前處理、預凍、升華干燥、后處理。
1、前處理
對于不同的待干物料，前處理的方法是不同的。根據原料的特點采用相應的處理方法， 如蔬菜凍干的前處理，除進行原料的分選、清洗、切分外，還需進行漂燙。
2、預凍
預凍有抽真空自身蒸發凍結和用速凍設備凍結兩種，為了保證食品的品質，一般選用后者。根據被凍物料的共晶點溫度，選擇預凍溫度；根據被凍物料的結構，形狀和大小，選擇凍結時間；根據物料的性質， 選擇預凍速率， 預凍工藝直接影響著物料的品質。
3、升華干燥
升華干燥在真空裝置中進行， 因而在升華干燥過程中保持合適的真空度十分重要。為了提高升華速度，縮短產品凍干時間，需要適當提高升華的溫度、傳熱系數以及減少水蒸汽的逸出阻力。升華時的溫度受條件的制約：食品凍結部分的溫度應低于共晶點溫度，否則凍結部分將融化，使已干燥部分構成的骨架剛度下降， 變得有粘性而塌陷，封閉了已干燥部分的海綿狀微孔，阻止升華繼續進行，
這時如果供熱過量，產品將融化報廢。升華中熱量的獲得是由干燥箱中的加熱板以輻射的形式傳導給被干燥物的。加熱板的溫度是根據干燥物的允許最高溫度以及傳熱系數， 按照干燥過程的加熱曲線而精心控制的。這種曲線稱為冷凍干燥曲線，選擇合適的曲線是冷凍干燥工藝的關鍵。
4、 后處理
凍干產品一般為多孔疏松狀，表面積大，易吸濕與破碎。為了便于保存，后處理工藝不容忽視，常用真空包裝或充入惰性氣體進行包裝，以便于長期貯藏。
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