凍干機配方中的固體含量會影響凍結和干燥過程。如果固體含量少于2%，那么凍干藥品結構的機械性能就會不穩定。尤其在干燥過程中，藥品微粒不能粘在基質上，逸出的水蒸氣會把這些微粒帶到小瓶的塞子上，有時甚至會帶到真空室當中。
此外，為了獲得均勻一致、表面光滑、穩定的蛋白質藥品，凍干機配方中必須含有填充劑、賦形劑、穩定劑等保護劑，這些保護劑對實現藥品的玻璃化凍結有重大的影響。很多糖類或多元醇經常被用于溶液凍融和凍干過程中非特定蛋白質的穩定劑，它們既是有效的低溫保護劑又是很好的凍干保護劑，它們對凍結的影響取決于種類和濃度。我們還需對不同的保護劑進行了詳盡的研究，探討了它們的凍結特性。還需研究其它保護劑的凍結特性。但是蛋白質種類很多，而且物理化學性質各異，因此不同的蛋白質需要不同的保護劑配方，因此它們的凍結特性就不同，一般需要實驗。
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