實驗室凍干機少量的產品一般在冷阱筒體內預凍，燒瓶需要配備帶旋凍裝置的冷浴，以便預凍成殼狀結構，安瓿可在冰箱內預凍，也可用離心附件預凍，小瓶一般需在低箱冰箱內預凍。
帶離心附件的實驗室凍干機是利用真空制冷法預凍產品的，把裝有產品的安瓿放在一個可旋轉的支架上，并以800～1000轉/分的速度旋轉，與此同時開始抽真空，旋轉時產生的離心力阻止了溶解在產品中的空氣在真空下冒出，當真空度達到一定數值時，由于產品內水分的迅速蒸發而吸收了自身的熱量，產品便平靜地凍結成冰，并且形成斜面形狀。
小瓶預凍時應把半壓塞好的瓶子放在帶支架的板層上，并連支架和板層一起放在低溫冰箱內預凍。在預凍快結束時要先降溫冷阱，當冷阱溫度達到-40℃后，迅速從低溫冰箱取出帶產品的板層支架，打開冷阱蓋，把帶產品的板層支架轉移冷阱內，并立即起動真空泵，抽空冷阱，這樣產品在真空下會立即升華，并吸收熱量使產品維持低溫狀態。如果動作緩慢，產品會升溫而熔化。
在冷阱筒體內預凍的產品與在冰箱內預凍的轉移方法相同，實際上是把產品從冷阱的底部轉移到上部，并立即抽真空；不然產品升華時不易獲得熱量會延長干燥時間。
燒瓶凍干時要預先放好帶多歧管的鐘罩，冷阱降溫并抽好真空，這時把旋凍好的燒瓶逐個快速連接到閥門上，并轉動閥門使燒瓶抽空。多歧管上的閥門是一個特殊閥門，轉柄有四個位置，旋轉把柄向左和向右時，封閉燒瓶接口與放氣口的連通；旋轉把柄向下時，封閉鐘罩與放氣口的連通，打開鐘罩與燒瓶接口的連通；旋轉把柄向上時，鐘罩與燒瓶連接口封閉，燒瓶與大氣相通（往燒瓶中放入大氣，以便干燥完畢后取下燒瓶）。
用離心附件預凍的安瓿不需轉換，在真空到達較高數值后，這時產品已經凍結，只需關閉離心轉頭的馬達就行了，因為產品已經在升華了。
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