物料裝入凍干箱之后開始進行凍干。凍干過程中最重要的參數是物料的溫度和凍干箱內的壓力。凍干曲線就是凍干過程中無聊的溫度、壓力隨時間變化隨時間變化的曲線。實踐中凍干曲線常用隔板溫度（或箱內空間溫度）與時間的關系曲線來表示。為監測凍干過程的主要參數，一般凍干機均能自動記錄隔板溫度、物料溫度、水氣冷凝器溫度、凍干箱內壓力等參數與時間的關系曲線。
凍干曲線的形狀與產品性能、能裝多少、分裝容器種類、設備條件等許多因素有關系。即使是同一產品，生產廠家不同，凍干曲線也完全一樣。生產中應根據各自的組成部分，凍干工藝過程的主要參數如下。
一 預凍溫度
預凍溫度必須低于物料的共晶點（共熔點）溫度5-10℃。每種物料的共晶點溫度都需測量，一般為生物物料共晶點溫度在-30℃左右。
二 預凍時間
物料的結凍過程是一個放熱過程，需要一定的時間，達到規定的預凍溫度之后，還需要保持一定的時間。為使整箱全部結凍，一般在達到規定的預凍溫度后，還需要保持2h左右的時間。
三 預凍速率
緩慢凍結產生的冰晶較大，快速凍結產生的冰晶較小，對于生物細胞，緩冷對生命體型影響大，速冷影響小。從冰點到物質的共晶點溫度之間也需要快冷，否則容易使蛋白質變性，生命體死亡，被稱為溶質效應。結凍時形成的冰晶大小影響干燥速率和干燥后產品的溶解度。大冰晶利于升華，但干燥后溶解慢，小冰晶升華慢，干燥后溶解快，能反映出產品的原來結構。
因此，需要實驗一個合適的冷卻速率，使物料具有較高的存活率，較好的物理性和溶解度，且利于干燥過程中的升華。
四 升華階段物料的溫度
物料的生化過程是一個吸熱過程，1g冰變成1g蒸氣大約需要吸收2803J左右的熱量，因此升華過程中必須對物料的溫度不能超過共晶點溫度，如果升華過程中物料溫度低于共晶點太多，則升華速率降低，升華階段所需的時間就增加；如果物料溫度高于共晶點溫度，則物料會發生熔化干縮現象，因此要控制物料溫度接近共晶點溫度，但又低于共晶點溫度。
五 升華階段的隔板溫度
升華物料的熱量來源于隔板，因此控制隔板的溫度就能達到控制物料溫度的目的。隔板溫度是根據物料溫度、凍干箱壓力、冷凝器的溫度來決定的。如果升華過程中，物料的溫度低于共晶點額定和崩解溫度，凍干箱內的壓力低于真空報警規定的壓力，冷凝器溫度低于-40℃，則隔板面積可以繼續升高。如果隔板溫度升高到某一程度之后，物料溫度已接近共晶點溫度或崩解點溫度，或凍干箱內壓力已接近報警規定的壓力，或冷凝器的溫度回升到-40℃以上，則隔板的加熱器不可再繼續升高。
六 升華階段的壓力
升華階段凍干箱內的壓力應控制在一定范圍內。壓力太低對傳熱不利，當壓力低于10Pa時，氣體的對流傳熱效應，可以忽略不計；而壓力高于10Pa時，氣體對流傳熱明顯增加。在同樣隔板溫度下，壓力高于10Pa時，物料容易得到熱量，升華速率較高。當壓力太高時，物料傳質速率降低，升華減慢，消耗熱量減少，物料本身溫度升高，一旦高于共晶點溫度時，物料發生局部融化。生物制品凍干的質量要求嚴格，壓力宜低一些，一般在10-30Pa為宜。
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