制藥凍干機的清洗，主要分為如下2步：
1、通常用軟化水或蒸餾水作清洗劑。不要用帶酸基或堿基的去污劑或清洗劑清洗，因為不管用軟化水怎樣清洗，仍然可能留下微量的去污劑，這樣反而增加了腐蝕的危險或呈粉進入制品中。清晰地效果隨著清洗劑溫度升高而增加，但如果污染物中有蛋白質含量時，溫度不應高于60℃。
2、清洗的方法可用刷子手工洗刷，用噴槍手工噴射，先主要采用CIP在線清洗密團系統自動清洗。它是由安裝在干燥箱和水氣冷凝器內的許多噴嘴所組成。清洗劑由水汞吸入，經管道閥門從噴嘴噴出沖刷干燥箱和水蒸氣冷凝器內部零件的表面，將污染物和雜質帶走，水從容器底部的排水管排出。一般來說，清洗水不重復使用，因為用循環清洗有造成全面污染的危險。
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