凍干機除了設計制造工藝之外，每一個零部件的造型同樣影響機器的質量和使用壽命。凍干機的零部件中，以冷凍機真空泵和循環泵最為重要，因為只要進行凍干，它們幾乎一直在運轉之中。
冷凍機有開式，半封閉式和會封閉之分，開式的冷凍機馬達與壓縮機是分開的，利用皮帶或連軸器傳動，因此軸封處容易漏氣，半封閉式冷凍機馬達鑄成一體，沒有軸封，因此減少了漏氣，全封閉式把馬達與壓縮機完全封在一個鋼筒內，杜絕了漏氣現象，一般大中型的冷凍機制成開式或半封閉式，小型的冷凍機制成全封閉式。
為了減少漏氣的可能，凍干機上的冷凍機應是半封式或全封閉式的，另外為了增加凍干機的使用可靠性，大型凍干機的冷凍機不應該是一臺，應該是多臺獨立機器聯合工作，使用中一旦某臺有故障時，不致損壞凍干產品。
凍干機的真空泵大都使用兩種泵，一種是油封式旋轉真空泵，一種是羅茨泵，又叫機械增壓泵，有些凍干機使用一臺雙級旋片式真空泵，即能達到真空度的要求，有些凍干機使用一臺單級油封泵加羅茨泵聯合工作。兩種方式使用效果基本相同。
油封式真空泵應是高速直聯的泵，它體積小，抽速大，而不應是皮帶傳動的真空泵，羅茨泵亦應是直聯式的。而不應是皮帶傳動的，最好是液力傳動式的，這種羅茨泵可在大氣壓下與油封式真空泵同時啟動。有些凍干機要求使用無油真空泵。循環泵應該是屏蔽式的，因為它不會發生漏油現象，直聯有油封，會發生漏油。
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