醫藥凍干機的干燥階段分為升華干燥和解吸干燥2個階段。
一、升華干燥階段
升華速率一般呈每小時干燥制品厚度為1mm。在實際操作時候，可以根據下列現象判斷升華干燥結束的時間。
干燥層和凍結層的交界面達到瓶底消失。
物料額定上升到幾近隔板的溫度。
干燥箱的壓力下降到與水氣冷凝器的壓力接近，且兩者之間的壓力差維持不變。
當關閉干燥箱通往水氣冷凝器之間的閥門時，箱內壓力上升速率與干燥箱的滲漏塑速率接近。
擋在多歧管干燥時，容器表面上的冰或水珠消失，其溫度達到環境溫度。
二、解吸干燥階段
這階段所需干燥時間約為升華干燥時間的0.35-0.5倍。凍干后含水量約為0.5-2.7%。
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