凍干機的冷凍干燥終點判斷方法和重要性，準確判斷凍干的終點，不只可節省能源，更有利于樣品的的最終含水量，提高樣品質量，是工藝優化的重要步驟。冷凍干燥終點判斷方法有如下4種：
1、壓力檢測法：在凍干機上配置電動中間閥，通過暫時隔離冷阱和干燥腔，測試干燥腔一段時間內壓力是否變化來判斷樣品是否斷續升華，以此來檢測凍干終點。此法適用于小凍干腔的大量樣品凍干時，常用于小型實驗室類凍干機。
2、溫度檢測法：凍干過程是一個升華的過程，而升華是要吸收能量的，在凍干的第二階段為了加快結合水的升華，通常會提高擱板的溫度（常用20℃~40℃），當升華結束時，樣品不再吸收能量，此時樣品的溫度會慢慢接近擱板溫度，最后趨于一致。故在配置有樣品溫度檢測探頭的凍干機可通過檢測溫度來判斷，而配置有凍干曲線軟件的凍干機更可從電腦上直接觀察。
3、稱重法：有些凍干機配置比較高，可以采用稱重系統來檢測。稱重系統可以直接連續測定樣品在凍干過程中的重量變化，以此直接掌握凍干各過程的水分升華情況，精確確定凍干終點，非常適合制藥行業進行產品質量控制。常用于中試及工業生產型凍干機。
4、卡爾費休檢測法：有些凍干機可以在線不停機的情況下取樣，這樣可以通常卡爾費休檢測儀來檢測水分，此法檢測精度高，可以精確控制水分的含水量，檢測速度快；缺點是操作復雜，要求設備配置較高，常用于中試及工業生產型凍干機。
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