1、凍干面積
用戶應根據自己的需要，通過計算來確定需用多大凍干面積的冷凍干燥機。以水為例，每批需凍干1.2公斤（升）,用物料盤裝載物料，每盤裝載10㎜厚，則可計算出凍干板層的負荷面積：
A（面積，㎡）=V（體積，m3）/H（高度，m）=0.0012m3/0.01m=0.12㎡
即需選用板層負荷面積為0.12㎡的凍干機。
2、冷阱溫度
冷阱是冷凍干燥過程捕獲水分的裝置，理論上講，冷阱溫度越低，冷阱的捕水能力越強，但冷阱溫度低，對制冷要求高，機器成本及運轉費用高。拓紛實驗型冷凍干燥機的冷阱溫度分為-50℃、-80℃（也為根據用戶需求定制）。冷阱溫度為-50℃的凍干適用于一些容易凍干的產品，冷阱溫度為-80℃的凍干適用于一些特殊產品的凍干。冷阱溫度對捕水能力的影響實驗表明冷阱溫度從-35℃下降到-55℃，捕水能力有提升明顯，冷阱溫度低于-55℃，冷阱的捕水能力提升不明顯。因此，在沒有特殊需求的情況下，選用冷阱溫度-50℃左右是理想的選擇。
3、降溫速率
降溫速率體現制冷系統的制冷能力，在空載情況下,冷阱溫度應在1小時內達到指標規定的最低溫度。例如，冷阱溫度≤-50℃的冷凍干燥機，機器從打開制冷開始計時，冷阱溫度達到-50℃的時間應不大于1小時。
4、極限真空度
極限真空度體現冷凍干燥機的泄漏情況及真空泵的抽氣效率。凍干箱的真空度，過去的觀點認為真空度是越高越好，現在的觀點認為真空度應在一個合理的范圍之內。真空度太高了，不利于傳熱，干燥速度反而下降，一般凍干箱的空載極限真空度應達到15Pa以上。
5、抽真空時間
凍干箱空載的抽空速度，從大氣壓抽到15Pa應在半小時之內完成。
6、板層溫度均勻性及平整度
板層溫度的均勻性和平整度,對產品質量的均一性有很大的影響,溫度均勻性和平整度越好，則凍干產品質量的均一性也越好。凍干機擱板溫度控制有加熱器型和中間流體型，采用中間流體控制板層的凍干機擱板溫度均勻性和平整度好，這種冷凍干燥機板層為空心夾層結構，板層的制冷和加熱均通過中間流體在板層內部的流體通道循環來實現，因此板層溫度均勻一致。拓紛TF-SFD系列生產型凍干機就是采用這種結構。拓紛TF-FD系列實驗型冷凍干燥機的擱板溫度控制基本上都是采用加熱器，板層溫度一致性稍差。通常，醫藥用凍干機板層溫差應控制在±1．5℃，板內溫差為±l℃，食品凍干機可適當放寬。
7、控制系統
冷凍干燥機的控制系統類型及功能各異，對于實驗型冷凍干燥機，主要應用于物料的凍干工藝摸索和少量試生產。控制系統應可實時顯示凍干過程參數并自動記錄；設定、修改及有效地執行凍干工藝程序；具備通訊接口，便于數據采集、保存。
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