凍干機的真空冷凍干燥過程包括預凍、升華干燥和解析干燥三個階段。每個階段的技術因素對凍干過程和產品質量都會產生重要影響。
1、預凍階段的影響因素有配方，凍結速率，凍結方式和凍結時間等。
以配方為例，固體含量較少時，成品機械性能較差，容易出現成品塌陷，外觀成型不合格。固體含量較多時，除會影響藥液配制過程外，也同樣會對成品的外觀產生影響，如萎縮。
2、升華干燥階段的影響因素有升華溫度，升華速率和加熱方式。
以升華溫度為例，要求其接近共熔點溫度，但又不能超過共熔點溫度。如果低于共熔點溫度，則升華的速率降低，升華階段的時間會延長。如果升華溫度高于共熔點溫度，則成品就會發生萎縮，顏色加深和溶解困難等現象。
3、解析干燥階段涉及干燥程度的判斷和后續處理。
一般情況下，約有10%的結合水需要在這一過程中升華，但是與升華干燥過程不同，結合水的解析需要足夠高的能量，因此需要足夠高且在崩解溫度以下和使物料內外具有大蒸汽壓差的高真空。當關閉凍干箱和冷凝器之間的真空閥，箱內壓力在1 min內上升小于1 Kpa，表明凍干可以結束了（此時殘留水分約在1-2%之間）。凍干結束后，應在出箱前將干燥的氮氣或惰性氣體充入箱內，再迅速封口或加塞，避免吸潮。
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